Vườn quốc gia Gunung Mulu là khu vực karst nhiệt đới được nghiên cứu nhiều nhất trên thế giới. Nơi đây có tổng cộng 295 km hang động được khám phá, nơi có hàng triệu con chim Én và Dơi.[11] Vườn quốc gia này nằm cách 100 km (330.000 ft) từ Brunei, giữa thượng nguồn sông Tutoh và Mendalam, nhánh của sông Limbang. Phía tây của vườn quốc gia là khu vực đất thấp (chiếm 38% diện tích vườn quốc gia) trong khi phía đông là các dãy núi đá vôi và sa thạch. Địa hình vườn quốc gia bao gồm các đỉnh núi gồ ghề, sườn núi dốc, vách núi, vách đá tuyệt đẹp, hẻm núi, háp karst, hang động, suối nước nóng, vùng ngập lũ và thác nước.[6]

Vườn quốc gia bị chi phối bởi ba ngọn núi chính là Núi Mulu cao 2.376 m (7.795 ft), Núi Api cao 1.750 m (5.740 ft) và Núi Benarat cao 1.858 m (6.096 ft).[12] Mulu là một ngọn núi sa thạch trong khi Api và Benarat là những ngọn núi đá vôi. Đỉnh núi Mulu được bao phủ bởi những khu rừng rêu, trong khi trên núi Api là rất nhiều những tháp karst lởm chởm.[13] Hẻm núi Melinau chia tách hai núi Benarat và Api, còn hẻm núi Medalem chia tách núi Buda và Benarat.[6] Tuy vậy, núi Buda lại nằm trong ranh giới của một vườn quốc gia khác có tên là Gunung Buda.[9]

Gunung Mulu là nơi có ba hệ thống hang động đáng chú ý là Phòng hang Sarawak (một trong những phòng hang ngầm lớn nhất thế giới)[14], hang Deer (hang có lối đi chính lớn nhất giới)[15] và hang Clearwater (hệ thống hang động dài nhất Đông Nam Á).[16][17] Buồng hang Sarawak dài 600 m (2.000 ft), rộng 415 m (1.362 ft), cao ít nhất 80 m (260 ft), với thể tích 12.000.000 m3 (420.000.000 cu ft). Hang Deer có đường kính lối đi từ 120 m (390 ft) tới 150 m (490 ft),[11] còn hang Clearwater tính đến tháng 10 năm 2018 đã có 227,2 km (745.000 ft) lối đi được khám phá.[18] Các hang động khác trong khu vực này gồm hang Good Luck, Benarat và Winds.